1) معاونت بهره‌برداری :
          این معاونت مسئولیت نظارت بر بهره‌برداری از فرایندهای (استحصال ، جمع ‌آوری ، ذخیره ، انتقال ، توزیع و انشعابات آب و جمع‌آوری و تصفیه و دفع بهداشتی فاضلاب) را با زیرفرایند‌های (نگهداری ، مدیریت انرژی و سیستم‌های کنترل) در شهرهای تحت پوشش به عهده دارد.

2) معاونت مهندسی و توسعه :
          این معاونت مسئولیت برنامه‌ریزی ، مطالعه ، طراحی و نظارت بر کلیه طرح‌های فنی شرکت در بخش‌های تامین ، ذخیره و توزیع آب و همچنین جمع‌آوری و تصفیه فاضلاب را به عهده دارد که اهم آن عبارتند از :
• برنامه‌ریزی و تهیه اسناد مناقصه جهت عملیات توسعه منابع تامین ، ذخیره و توزیع آب شهرهای تحت پوشش.
• برنامه‌ریزی و تهیه اسناد مناقصه جهت خطوط جمع‌آوری، اصلی و تصفیه‌خانه فاضلاب شهرهای تحت پوشش.
• انجام مطالعات منابع تامین آب و مطالعات بازنگری شبکه توزیع آب شهرها
• اجرا و نظارت بر عملیات حفر و تجهیز چاه‌ها، لوله‌گذاری خطوط انتقال، ایستگاه‌های پمپاژ و شبکه‌های توزیع آب شهری
• مطالعات توجیه فنی، اقتصادی و زیست‌محیطی طرح‌های فاضلاب
• نظارت بر اجرای شبکه‌های جمع‌آوری، خطوط اصلی و ساخت و تهیه تجهیزات و تصفیه‌خانه فاضلاب
• طراحی و نظارت بر اجرای ابنیه، ساختمان‌های اداری و مخازن ذخیره آب

3) معاونت خدمات مشترکین و درآمد :
• نظارت بر حسن اجرای تعرفه‌ها در واحدهای تابعه شرکت
• توجه به ارائه و استفاده از روش‌های پیشرفته مرتبط با امور مشترکین
• انجام بازدیدهای منظم از فعالیت‌های امور مشترکین در واحدهای آب و فاضلاب، وصول درآمد و کنترل نحوه عملیات و ارائه راهنمایی‌های لازم
• ایجاد پایگاه اطلاعات مشترکین و به روز نگه‌داشتن آن در سطح شرکت
• بررسی تعرفه‌های مورد عمل و ارائه گزارشات تحلیلی و پیشنهادات لازم جهت اصلاح و بازنگری تعرفه‌ها

4) معاونت برنامه‌ریزی و منابع انسانی :
          این معاونت مسئول تهیه بودجه و کنترل بودجه سالانه ، برنامه‌ریزی و عملیاتی نمودن هرگونه سخت‌افزار و نرم‌افزار ، جمع‌آوری و تجزیه و تحلیل آمار و اطلاعات ، برنامه‌ریزی و نظارت بر پروژه‌های تحقیقاتی و انجام اقدامات لازم در خصوص پیاده‌سازی سیستم‌های مدیریت کیفیت در شرکت می‌باشد. این معاونت همچنین مسئولیت برنامه‌ریزی نیروی انسانی در خصوص استخدام، انتصاب، آموزش و همچنین امور مربوط به تکریم مردم و ارباب‌رجوع را نیز عهده‌دار می‌باشد.